•  
  • Technológie
    NGS NGS
    Microarrays Microarrays
    Real-Time PCR Real-Time PCR
    10x Genomics 10x Genomics
  • Produkty
    Prístroje
    • Sekvenátory NGS
    • Skenery čipov
    • Sonikátory
    • Chromium Controller
    • Chromium Connect
    • Automatické pipetovacie systémy
    • RT-PCR systém
    • Farbiace automaty
    Reagencie
    • PCR reagencie
    • RT-PCR kity
    • Sekvenačné kity
    • Kity pre prípravu NGS knižníc
    • Kity pre prípravu NGS knižníc – technológia 10x Genomics
    • Transfekčné činidlá
    Software
    • BaseSpace
    Ostatné produkty
    • Repirátor N95
  • Diagnostika
    Real-Time PCR
    • Trombofilné mutácie
    • Detekcia patogénov
    • DIOS – priama detekcia SARS-CoV-2
    • EurobioPlex SARS-CoV-2 Multiplex
    • EurobioPlex FluCoSyn
    NGS
    • Nextera
    • Celogenomové sekvenování
    • CleanPlex SARS-CoV-2 Panel
    • Respiratory Virus Oligo Panel V2
    • TruSight Cancer
    • TruSight One
    • COVIDSeq Test
    • TruSight Oncology 500
    Microarrays
    Ostatné metódy
    • Imunohistochemie
    • Perinatálna diagnostika
    • RISH a FISH
    • ISH HRP detekční kity
  • Firmy
    10x GENOMICS
    Altona
    Biocare Medical
    Covaris
    Diagenode
    Dynamiker
    Eurobio Scientific
    IAB
    IBA
    Illumina
    Invivoscribe technologies
    IQ products
    Kimeery
    LGC Biosearch Technologies
    Mirus Bio
    Opentrons
    Paragon Genomics
    Thermo Scientific
    Verogen
    Vitrolife
  • Kontakty
    Obecný kontakt GeneTiCA GeneTiCA
    Obchodné oddelenie Obchodné oddelenie
    Aplikačná podpora Aplikačná podpora
    Servisné oddelenie Servisné oddelenie
  •  
    Genetica.CZGenetica.SKGenetica.HU
  •  
https://www.genetica.cz +420 272 701 055 Služeb 4 Praha
Úvod > Diagnostika > NGS > COVIDSeq Test

COVIDSeq test - Illumina

COVIDSeq test od spoločnosti Illumina bol navrhnutý tak, aby umožňoval časovo i finančne nenáročnú detekciu a charakterizáciu subtypov SARS-CoV-2. Tieto dáta sú nevyhnutné pre identifikáciu nových subtypov, prevalenciu všetkých subtypov v rámci danej populácie, napomáhajú zistiť cesty prenosu daného subtypu, a tým poskytnúť dáta pre komplexnú “surveillance” štúdiu. Sledovanie týchto nových subtypov je doležité taktiež pre sledovanie adaptácie vírusu a jeho mutačnej rýchlosti, čo je podkladom pre úspešný priebeh vakcinácie.

Dizajn testu je založený na validovanej verzii verejne dostupného ARTIC multiplex PCR protokolu s 98 amplikónmi (v 2 pooloch) určenými na amplifikáciu špecifických vírusových sekvencií SARS-CoV-2. Súčasťou COVIDSeq protokolu je i 11 ľudských mRNA, ktoré slúžia ako interná kontrola. Kombinácia tohto dizajnu a osvedčenej technológie Illumina ponúka dosiahnutie maximálneho pokrytia celého genómu a detekciu i nových variant s vysokou presnosťou. 

 

Vstupným materiálom protokolu je izolát RNA, ktorá je následne prepísaná do cDNA (kit obsahuje reagencie potrebné pre tento krok) v procese reverznej transkripcie, nasleduje PCR amplifikácia s COVIDSeq primermi, príprava knižníc s využitím BLT technológie. Pripravené knižnice je možné sekvenovať na všetkých platformách Illumina, pričom protokol bol spoločnosťou Illumina validovaný len pre platformy NovaSeq 6000 , NextSeq 500/550/550 Dx (v móde RUO – “research use only”) a NextSeq 2000 . Umožňuje značnú flexibilitu v počte analyzovaných vzoriek od 384 až po 3072 vzoriek za približne 12 hodín.

Súčasťou riešenia je i analýza dát z validovaných platforiem prostredníctvom aplikácie DRAGEN COVIDSeq Test (RUO), ktorá poskytuje informáciu o prítomnosti SARS-CoV-2 a generuje jeho sekvencie vo formáte FASTA. V prípade validovaných i nevalidovaných sekvenátorov je možné využitie aplikácie DRAGEN COVID Lineage , ktorá reportuje pokrytie cieľových oblastí, vykonáva detekciu a generovanie sekvencií a prostredníctvom spolupracujúcich aplikácií 

Pangolin a NextClade  ponúka priradenie rodových línií pre zistené mutácie a vytváranie fylogenetických stromov.  

 

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu

Súvisiace odkazy

Respiratory Virus Oligo Panel V2 - Illumina

Sekvenátory NGS

NextSeq 1000/2000 - Illumina

Mnoho inovácií a väčšia flexibilita sekvenovania

NextSeq 550 - Illumina

Spojenie aplikácií vysokapacitného sekvenovania a skenovania čipov

NovaSeq 6000 - Illumina

Najvyšší sekvenačný výkon na trhu

COVIDSeq Test
Logo Illumina

Vyžiadať informácie o:

COVIDSeq Test

Božena Bollová Country manažérka Genetica s.r.o. +421 917 334 151 bollova@genetica.sk Genetica s.r.o.


Kontaktný formulár

Údaje s hviezdičkou
sú povinné
Copyright © 2021 GeneTiCA s.r.o. +421 907 373 757 | genetica@genetica.sk