COVIDSeq test - Illumina

COVIDSeq test od spoločnosti Illumina bol navrhnutý tak, aby umožňoval časovo i finančne nenáročnú detekciu a charakterizáciu subtypov SARS-CoV-2. Tieto dáta sú nevyhnutné pre identifikáciu nových subtypov, prevalenciu všetkých subtypov v rámci danej populácie, napomáhajú zistiť cesty prenosu daného subtypu, a tým poskytnúť dáta pre komplexnú “surveillance” štúdiu. Sledovanie týchto nových subtypov je doležité taktiež pre sledovanie adaptácie vírusu a jeho mutačnej rýchlosti, čo je podkladom pre úspešný priebeh vakcinácie.

Dizajn testu je založený na validovanej verzii verejne dostupného ARTIC multiplex PCR protokolu s 98 amplikónmi (v 2 pooloch) určenými na amplifikáciu špecifických vírusových sekvencií SARS-CoV-2. Súčasťou COVIDSeq protokolu je i 11 ľudských mRNA, ktoré slúžia ako interná kontrola. Kombinácia tohto dizajnu a osvedčenej technológie Illumina ponúka dosiahnutie maximálneho pokrytia celého genómu a detekciu i nových variant s vysokou presnosťou. 

Vstupným materiálom protokolu je izolát RNA, ktorá je následne prepísaná do cDNA (kit obsahuje reagencie potrebné pre tento krok) v procese reverznej transkripcie, nasleduje PCR amplifikácia s COVIDSeq primermi, príprava knižníc s využitím BLT technológie. Pripravené knižnice je možné sekvenovať na všetkých platformách Illumina, pričom protokol bol spoločnosťou Illumina validovaný len pre platformy NovaSeq 6000 , NextSeq 500/550/550 Dx (v móde RUO – “research use only”) a NextSeq 2000 . Umožňuje značnú flexibilitu v počte analyzovaných vzoriek od 384 až po 3072 vzoriek za približne 12 hodín.

Súčasťou riešenia je i analýza dát z validovaných platforiem prostredníctvom aplikácie DRAGEN COVIDSeq Test (RUO), ktorá poskytuje informáciu o prítomnosti SARS-CoV-2 a generuje jeho sekvencie vo formáte FASTA. V prípade validovaných i nevalidovaných sekvenátorov je možné využitie aplikácie DRAGEN COVID Lineage , ktorá reportuje pokrytie cieľových oblastí, vykonáva detekciu a generovanie sekvencií a prostredníctvom spolupracujúcich aplikácií 

Pangolin a NextClade  ponúka priradenie rodových línií pre zistené mutácie a vytváranie fylogenetických stromov.  

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu

Súvisiace odkazy

Respiratory Virus Oligo Panel V2 - Illumina

Detekcia subtypov SARS-CoV-2 ďalších koinfekcií.

Sekvenátory NGS

NextSeq 1000/2000 - Illumina

Mnoho inovácií a väčšia flexibilita sekvenovania

NextSeq 550 - Illumina

Spojenie aplikácií vysokapacitného sekvenovania a skenovania čipov

NovaSeq 6000 - Illumina

Najvyšší sekvenačný výkon na trhu