https://www.genetica.cz
+420 272 701 055
Služeb 4
Praha
3.png)
.png)
1.png)
1.png){kind=logo}
NextSeq 550 - Illumina
Sekvenačný systém NextSeq 550 kombinuje spoľahlivosť NGS („next generation sequencing“) s možnosťou prispôsobenia veľkosti výstupov v závislosti od nárokov laboratória. Okrem samotného sekvenovania ponúka NextSeq 550 i možnosť skenovať čipy. Je preto ideálnym riešením pre laboratóriá, ktoré chcú rozšíriť svoje kapacity využitím jediného prístroja.
Kľúčovou technológiou, na základe ktorej fungujú všetky Illumina sekvenačné platformy, je SBS („sequencing by synthesis“) technológia. Táto metóda umožňuje paralelné radenie miliónov fragmentov DNA a detekciu jednotlivých báz začlenených do rastúcich vlákien DNA. Osvedčená SBS metóda elimunuje chybovosť (a to aj v úsekoch reťazca s opakujúcimi sa nukleotidmi) a zaručuje skóre kvality 30 %, čo znamená, že len 1 z 1 000 báz môže byť priradená nesprávne. Dva typy sekvenačnej chémie, high-output a mid-output, umožňujú jednoduchý prechod medzi vysokokapacitným sekvenovaním s maximálnym výstupom až 120 Gb a nízkokapacitným sekvenovaním s výstupom do 39 Gb. Pre analýzu dát je prístupných viacero možností. Jednou z nich je platforma DRAGEN Bio-IT na cloudovom softvéri BaseSpace Sequence Hub. Inou možnosťou je využitie softvéru Local Run Manager, kde môže prebiehať sekundárna analýza dát „on-instrument“ alebo „off-instrument“.
Široké využitie sekvenačnej kapacity systému NextSeq 550 zahŕňa:
- Sekvenovanie malých genómov
- Exómové sekvenovanie
- Cielené resekvenovanie
- Transkriptomiku
- Metagenomiku
- Single Cell analýzy
- Sekvenovanie miRNA
NextSeq 550 integruje sekvenovanie a skenovanie čipov do jednej platformy, čoho výhodou je nižšia cena riešenia a ušetrenie priestorových kapacít laboratória. Skenovanie čipov je založené na BeadArray technológii a osvedčenej Infinium chémii, vďaka ktorej generuje vysokokvalitné dáta a reprodukovateľné výsledky.
Systémom NextSeq 550 je možné skenovať nasledujúce čipy:
- Infinium MethylationEPIC BeadChip - umožňuje kvantitatívnu analýzu viac ako 850 000 metylačných miest v genóme. Pre analýzu dát je dostupný softvér GenomeStudio , ktorý umožňuje diferenciálne metylačné analýzy.
- Infinium CytoSNP-850K BeadChip - prvý ľudský mikročip na báze SNP, ktorý poskytuje komplexné pokrytie cytogeneticky relevantných génov.
- Infinium HumanCytoSNP-12 v2.1 BeadChip - 12-vzorkový výkonný panel na skenovanie celého genómu navrhnutý pre efektívnu a vysokovýkonnú analýzu genetických a štrukturálnych variácií, ktoré sú relevantné pre ľudské choroby.
- Infinium HumanKaryomap-12 BeadChip – je komplexný test od spoločnosti Vitrolife pokrývajúci celý genóm na úrovni jednej bunky („karyomapping“), čím poskytuje prehľad o dedičných defektoch embrya.
Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu: NextSeq 550
|
NextSeq sekvenátor |
|||||
|---|---|---|---|---|---|
|
Typ Flow cell |
Dĺžka čítaní |
Výstup (Gb) |
Výstup (Gb) |
Kvalita dát |
Konc. vstupného materiálu |
|
High-Output |
2 × 150 |
100-120 |
29 hodin |
>75% >Q30 |
100 ng-1 µg s TruSeq Library Prep Kit |
|
až do 400 M single reads |
2 × 75 |
50-60 |
18 hodin |
>80% >Q30 |
|
|
až do 800 M single reads |
1 × 75 |
25-30 |
11 hodin |
>80% >Q30 |
|
|
Mid-Output |
2 × 150 |
32-39 |
26 hodin |
>75% >Q30 |
|
|
až do 130 M single reads |
2 × 75 |
16-19 |
15 hodin |
>80% >Q30 |
|
|
až do 130 M single reads |
>80% >Q30 |
||||
Súvisiace odkazy
MiniSeq - Illumina
Vyšší výstup s cenovou dostupnosťou i pre menšie laboratóriá
MiSeq - Illumina
Overený štandard s najdlhšími čítaniami
MiSeq FGx - Illumina
Certifikovaná platforma pre forenzné aplikácie
Sekvenačné kity - Illumina
Prehľad sekvenačných kitov pre jednotlivé sekvenátory Illumina.
