AmpliSeq for Illumina Focus Panel - Illumina

AmpliSeq for Illumina Focus Panel je riešenie pre cielené resekvenovanie vybraných kľúčových biomarkerov  52 génov so známym významom pre solídne nádory, ako napr. nádory pľúc, hrubého čreva, vaječníkov, prostaty, prsníka a melanómu. Pomocou tohto panelu je možné analyzovať DNA aj RNA súčasne. Rýchlo a efektívne je možné detegovať nukleotidové varianty - SNV  („single nucleotide variants“), inzercie, delécie a CNV („copy number variants“) vo vzorkách DNA a fúzie génov vo vzorkách RNA.

Protokol zahŕňa prípravu knižnice na báze PCR, sekvenovanie špeciálnou Illumina SBS („sequencing by synthesis“) technológiou a automatickú analýzu dát. Výsledné dáta je možné analyzovať lokálne pomocou softvéru Local Run Manager alebo cloudovo pomocou platformy BaseSpace Sequence Hub, ktorá poskytuje prístup k BaseSpace Variant Interpreter.

Základné špecifikácie k AmpliSeq for Illumina Focus panelu:

• Obsahuje spolu 553 amplikónov v 2 pooloch (DNA pool: 269 amplikónov, RNA pool: 284 amplikónov)
• Cieli na 52 onkogénov
• Príprava knižnice trvá 5-6 hodín
• Množstvo vstupného materiálu: 1-10 ng
• Kompatibilný s FFPE vzorkami
• Kompatibilný s Illumina sekvenátormi: iSeq 100, MiniSeq, MiSeq

Zoznam génov zachytávaných pomocou AmpliSeq for Illumina Focus panelu:

DNA pool

RNA pool

Viac informácii nájdete tu a tu