AmpliSeq for Illumina Focus Panel - Illumina

AmpliSeq for Illumina Focus Panel je riešenie pre cielené resekvenovanie vybraných kľúčových biomarkerov 52 génov so známym významom pre solídne nádory, ako napr. nádory pľúc, hrubého čreva, vaječníkov, prostaty, prsníka a melanómu. Pomocou tohto panelu je možné analyzovať DNA aj RNA súčasne. Rýchlo a efektívne je možné detegovať nukleotidové varianty - SNV („single nucleotide variants“), inzercie, delécie a CNV („copy number variants“) vo vzorkách DNA a fúzie génov vo vzorkách RNA.

Protokol zahŕňa prípravu knižnice na báze PCR, sekvenovanie špeciálnou Illumina SBS („sequencing by synthesis“) technológiou a automatickú analýzu dát. Výsledné dáta je možné analyzovať lokálne pomocou softvéru Local Run Manager alebo cloudovo pomocou platformy BaseSpace Sequence Hub, ktorá poskytuje prístup k BaseSpace Variant Interpreter.

Základné špecifikácie k AmpliSeq for Illumina Focus panelu:

Obsahuje spolu 553 amplikónov v 2 pooloch (DNA pool: 269 amplikónov, RNA pool: 284 amplikónov)
Cieli na 52 onkogénov
Príprava knižnice trvá 5-6 hodín
Množstvo vstupného materiálu: 1-10 ng
Kompatibilný s FFPE vzorkami
Kompatibilný s Illumina sekvenátormi: iSeq 100, MiniSeq, MiSeq

Sekvenačný kit	Počet vozriek/ experiment	Doba sekvenovania	Minimálna hĺbka pokrytia	Dĺžka čítania
iSeq 100 Reagent kit	8	17 hod.	500x	2x150 bp
MiniSeq Mid-output kit	16	17 hod.	500x	2x150 bp
MiniSeq High-output kit	48	24 hod.	500x	2x150 bp
MiSeq v2 Micro kit	8	19 hod.	500x	2x150 bp
MiSeq v2 kit	30	24 hod.	500x	2x150 bp
MiSeq v3 kit	48	32 hod.	500x	2x150 bp

Zoznam génov zachytávaných pomocou AmpliSeq for Illumina Focus panelu:

DNA pool

AKT1	EGFR	FGFR4	JAK3	MYCN
ALK	ERBB2	GNA11	KIT	NRAS
AR	ERBB3	GNAQ	KRAS	PDGFRA
BRAF	ERBB4	HRAS	MAP2K1	PIK3CA
CCND1	ESR1	IDH1	MAP2K2	RAF1
CDK4	FGFR1	IDH2	MET	RET
CDK6	FGFR2	JAK1	MTOR	ROS1
CTNNB1	FGFR3	JAK2	MYC	SMO
DDR2

RNA pool

ABL1	EGFR	ETV5	NTRK1	PPARG
ALK	ERBB2	FGFR1	NTRK2	RAF1
AKT3	ERG	FGFR2	NTRK3	RET
AXL	ETV1	FGFR3	PDGFRA	ROS1
BRAF	ETV4	MET

Viac informácii nájdete tu a tu

AmpliSeq for Illumina Focus Panel - Illumina

Vyžiadať informácie o:

AmpliSeq for Illumina Focus Panel

Kontaktný formulár