Při návštěvě webových stránek je velmi pravděpodobné, že stránka získá nebo uloží informace ve vašem prohlížeči a to ve formě souborů cookies. Nad soubory máte plnou kontrolu, ale jsou velmi důležité pro správné fungování webu. Mohou to být informace o vašich preferencích, zájmech o produkty, přizpůsobení prostředí a chování webu. V neposlední řadě obsahují data, která využíváme pro kontinuální zlepšování webu a našich služeb. Stále respektujeme vaše právo na soukromí, a proto se můžete rozhodnout, že se sběrem souborů cookies nebudete souhlasit.Nezapomínejte na to, že blokování některých souborů cookies můžete ovlivnit, jak stránka funguje a jaké služby jsou vám nabízeny.
AmpliSeq for Illumina Focus Panel je riešenie pre cielené resekvenovanie vybraných kľúčových biomarkerov 52 génov so známym významom pre solídne nádory, ako napr. nádory pľúc, hrubého čreva, vaječníkov, prostaty, prsníka a melanómu. Pomocou tohto panelu je možné analyzovať DNA aj RNA súčasne. Rýchlo a efektívne je možné detegovať nukleotidové varianty - SNV („single nucleotide variants“), inzercie, delécie a CNV („copy number variants“) vo vzorkách DNA a fúzie génov vo vzorkách RNA.
Protokol zahŕňa prípravu knižnice na báze PCR, sekvenovanie špeciálnou Illumina SBS („sequencing by synthesis“) technológiou a automatickú analýzu dát. Výsledné dáta je možné analyzovať lokálne pomocou softvéru Local Run Manager alebo cloudovo pomocou platformy BaseSpace Sequence Hub, ktorá poskytuje prístup k BaseSpace Variant Interpreter.
Základné špecifikácie k AmpliSeq for Illumina Focus panelu:
Sekvenačný kit |
Počet vozriek/ experiment |
Doba sekvenovania |
Minimálna hĺbka pokrytia |
Dĺžka čítania |
iSeq 100 Reagent kit |
8 |
17 hod. |
500x |
2x150 bp |
MiniSeq Mid-output kit |
16 |
17 hod. |
500x |
2x150 bp |
MiniSeq High-output kit |
48 |
24 hod. |
500x |
2x150 bp |
MiSeq v2 Micro kit |
8 |
19 hod. |
500x |
2x150 bp |
MiSeq v2 kit |
30 |
24 hod. |
500x |
2x150 bp |
MiSeq v3 kit |
48 |
32 hod. |
500x |
2x150 bp |
Zoznam génov zachytávaných pomocou AmpliSeq for Illumina Focus panelu:
DNA pool
AKT1 |
EGFR |
FGFR4 |
JAK3 |
MYCN |
ALK |
ERBB2 |
GNA11 |
KIT |
NRAS |
AR |
ERBB3 |
GNAQ |
KRAS |
PDGFRA |
BRAF |
ERBB4 |
HRAS |
MAP2K1 |
PIK3CA |
CCND1 |
ESR1 |
IDH1 |
MAP2K2 |
RAF1 |
CDK4 |
FGFR1 |
IDH2 |
MET |
RET |
CDK6 |
FGFR2 |
JAK1 |
MTOR |
ROS1 |
CTNNB1 |
FGFR3 |
JAK2 |
MYC |
SMO |
DDR2 |
|
|
|
|
RNA pool
ABL1 |
EGFR |
ETV5 |
NTRK1 |
PPARG |
ALK |
ERBB2 |
FGFR1 |
NTRK2 |
RAF1 |
AKT3 |
ERG |
FGFR2 |
NTRK3 |
RET |
AXL |
ETV1 |
FGFR3 |
PDGFRA |
ROS1 |
BRAF |
ETV4 |
MET |
|
|