https://www.genetica.cz
+420 272 701 055
Služeb 4
Praha
1.png)
.png)
.png)
Celogenómové sekvenovanie - Illumina
Sekvenovanie celého genómu (WGS) je komplexná metóda na analýzu celých genómov. Poznanie genómových informácií pomáha pri identifikácii dedičných chorôb, charakterizácii mutácií, či sledovaní ohnísk nákaz. Rapídne zníženie nákladov na sekvenovanie a schopnosť produkovať veľké množstvá dát robia z WGS silný nástroj pre genomický výskum.
Výhody WGS:
- Poskytuje informácie o celom genóme vo vysokom rozlíšení
- Zachytáva veľké i malé varianty
- V krátkom čase poskytuje veľké objemy dát
- Poskytuje komplexný pohľad na genóm
- Je ideálny pre identifikáciu príčinných variantov a zostavenie nového genómu
Aj napriek tomu, že je táto metóda spájaná najmä so sekvenovaním ľudského genómu, vďaka vysokej flexibilite ju možno využiť aj na akékoľvek iné druhy organizmov. Základne možno WGS rozdeliť na:
| Sekvenovanie veľkých genómov, t.j. väčších než 5 Mb, poskytuje cenné informácie o chorobách a má význam pri populačných štúdiách. Vedci často používajú sekvenovanie celého genómu na analýzu nádorov, vyšetrovanie príčin zárodočných chorôb, výber rastlín a zvierat vhodných pre šlachtiteľské programy a v neposlednom rade pre identifikáciu bežných genetických variantov medzi populáciami. Na sekvenovanie veľých genómov slúžia sekvenátory NovaSeq 6000 a NextSeq 1000/2000 |
Sekvenovanie malých genómov (≤ 5 Mb) zahŕňa sekvenovanie genómov baktérií, vírusov a iných mikróbov. Môže byť užitočné z hľadiska molekulárnej epidemiológie či metagenomiky životného prostredia. Pre sekvenovanie takýchto malých genómov sú ideálnymi platformami: iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550 či NextSeq 1000/2000. |
De novo sekvenovaním označujeme sekvenovanie nových genómov, pri ktorých nie je k dispozícii žiadna referenčná sekvencia na porovnanie. Poskytuje užitočné informácie pre mapovanie genómov nových organizmov alebo aj informácie pre konečnú úpravu genómov známych organizmov. Pri de novo sekvenovaní sa najčastejšie využívajú sekvenačné platformy (závisí od veľkosti genómu): iSeq 100, MiSeq a NovaSeq 6000. |
Sekvenovanie celého ľudského genómu ponúka najpodrobnejší pohľad na náš genetický kód. WGS má schopnosť vyhodnotiť každú bázu v genóme a orientovať sa v zložitosti genómových variantov, ktoré nás robia jedinečnými. Kedysi išlo o náročnú aplikáciu, no dnes patrí sekvenovanie celého genómu človeka medzi jednu z najjednoduchších. Pokroky v príprave knižníc, sekvenovaní, bioinformatike a analýze variantov umožňujú získanie výsledných dát za menej ako 30 hodín. Sekvenovanie ľudského genómu patrí medzi najkomplexnejšie aplikácie, ktoré umožňujú detekciu rôznych variantov v jednom protokole, od malých zmien v jednom nukleotide po veľké chromozómové prešmyky. Na sekvenovanie ľudského genómu slúži platforma NovaSeq 6000 |
Viac informácii nájdete na stránkach výrobcu
- TruSeq DNA PCR-Free Prep
- Illumina DNA Prep
- Illumina DNA PCR-Free Prep
- Nextera XT DNA Library Prep
- TruSeq DNA Nano
| Doba prípravy: | 5 hod. |
| Množstvo vstupnej vzorky: | 1 ug DNA |
| Druh vstupného materiálu: | gDNA |
| Veľkosť inzertu: | 350-550 bp |
| Mechanizmus: | mechanická fragmentácia |
| Aplikácia: | WGS, shotgun sekvenovanie, genotypizácia |
Vyžiadať informácie o:
Celogenómové sekvenovanie
Kontaktný formulár
