NovaSeq 6000 - Illumina

Sekvenačný systém NovaSeq 6000 je kapacitne najväčšou platformou z rady sekvenátorov spoločnosti Illumina. Je navrhnutý tak, aby sa prispôsobil všetkým potrebám užívateľov vďaka rôznym typom flow cell a kombinácii rôznych dĺžok čítaní. Je rýchly, flexibilný a jednotlivé experimenty sú ekonomicky prístupnejšie ako kedykoľvek predtým. Tento vysokokapacitný sekvenátor je stavaný aj pre aplikácie vyžadujúce sekvenáciu veľkých množstiev dát, ako napr. celogenómové sekvenovanie, celoexómové sekvenovanie či profilovanie nádorov hlavne na úrovni tekutých biopsií.

Rovnako ako ďalšie sekvenačné platformy od spoločnosti Illumina, aj NovaSeq 6000 využíva SBS („sequencing by synthesis“) technológiu , vďaka ktorej umožnuje masívne paralelné sekvenovanie miliárd fragmentov DNA s vysokou kvalitou a presnosťou. Vďaka 4 typom flow cell (SP, S1, S2 a S4) a možnosti kombinovať 2 flow celly naraz počas jedného experimentu ponúka táto platforma obrovskú flexibilitu v možnostiach sekvenovania a získania dát.

Využitím špeciálneho NovaSeq XP kitu je možné naloadovať každú líniu v rámci flow cell separátne a tým odlíšiť rôzne metódy. Xp workflow dokonca umožňuje multiplexovať viacero vzoriek v rámci jednej línie flow cell, čím sa zredukuje potrebné množstvo vstupnej DNA. Vysokovýkonný zobrazovací systém dokáže detegovať obrovský počet husto umiestnených klastrov na paternovej flow cell  a tým generovať veľké množstvo dát.

NovaSeq 6000 ponúka výstup až 6T dát a 2 miliardy čítaní za menej ako 2 dni. Takéto obrovské množstvo dát dokáže užívateľ spracovávať, analyzovať a uchovávať využitím prostredia BaseSpace Sequence Hub , v rámci ktorého je dostupná aj ultrarýchla platforma pre sekundárnu analýzu dát, DRAGEN Bio-IT („Dynamic Read Analysis for GENomics“). Na výslednú interpretáciu dát môže byť využitý softvér TruSight Software Suit  vhodný pre interpretáciu rôznych genetických ochorení alebo BaseSpace Correlation Engine, ktorý integruje údaje so svetovou genomickou databázou.

Široké možnosti využitia sekvenačného systému NovaSeq 6000:

• Celogenómové sekvenovanie (malé aj veľké genómy)
• Celoexómové sekvenovanie
• Sekvenovanie transkriptómu
• Single Cell analýzy
• Metylačné sekvenovanie
• Chromatínové analýzy
• Metagenomika
• Cell-free sekvenovanie a liquid biopsy analýzy

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu