Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment - Illumina

Spoločnosť Illumina v spolupráci s Twist Bioscience prináša nové vylepšené riešenie pre celoexómové sekvenovanie (WES) pod názvom Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment. Nový Exome 2.0 panel je menší ako pôvodný Illumina Exome panel, no svojím obsahom pokrýva  všetky klinicky relevantné varianty uvedené vo verejných databázach. Predstavuje tým komplexné, uniformné a ekonomicky výhodné riešenie pre diagnostiku dedičných ochorení.

Protokol začína vstupným materiálom, ktorým je genómová DNA, prípadne priamo krv alebo sliny. Príprava knižnice prebieha overenou Illumina BLT („Bead-linked transposomes“) technológiou, vďaka ktorej prebieha fragmentácia DNA, naviazanie adaptérov (tzv. tagovanie) a tiež normalizácia na magnetických guličkách len v jedinom kroku. Nasleduje proces vychytávania cieľových oblastí pomocou špeciálne navrhnutých prób, tzv. enrichment. Sekvenácia takto pripravených knižníc prebieha na Illumina platformách, od NextSeq 550 až po kapacitne najvyššie platformy. Sekundárnu analýzu dát zabezpečuje softvér DRAGEN. Interpretáciu dát uľahčuje umelá inteligencia plaftormy Emedgene.

Základné špecifikácie riešenia Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment:

• 1 produkt zahŕňa celú prípravu knižnice (príprava WGS, panel prób, reagencie na hybridizáciu, Illumina purifikačné guličky, indexy)
• Kit slúži na analýzu 96 vzoriek (8 enrichmentových reakcií, plexovanie po 12)
• Možnosť plnej automatizácie prípravy knižnice
• End-to-end riešenie
• 37.5 Mb kódujúcich oblastí (≥ 99% z databáz  RefSeq, CCDS, ClinVar a ACMG, COSMIC Cancer Gene Census), OMIM
• Doba prípravy knižnice: 6,5 hod. (2 hod. „hands on time“)
• Input: 50 – 1 000 ng gDNA
• Technológia: BLT + hybridizácia
• Uniformita: ≥ 91% (20× pokrytie pre 5 Gb)
• Sekvenácia: NextSeq 500/550, NextSeq 1000/2000, NovaSeq 6000, NovaSeq X

Viac informácií sa dozviete na stránkach výrobcu

Maximálne počty vzoriek na sekvenačný beh pri rôznych pokrytiach a využitím rôznych sekvenačných kitov: