Chromium platforma - 10x GENOMICS

Platforma Chromium, fungujúca na princípe Next GEM technológie umožňuje komplexnú analýzu jednotlivých buniek vo vzorke od ich génovej expresie, prítomnosti chromatínu, bunkových proteínov, imunitných klonotypov, až po antigénovú špecificitu a CRISPR úpravy. Dané riešenie zahŕňa okrem spotrebného materiálu a voľne dostupných softvérov na analýzu dát aj prístrojové vybavenie - novú sériu prístrojov Chromium X.

Dostupné 10x Genomics riešenia pre analýzy „Single Cell“:

Single Cell Gene Expression 

Single Cell Immune Profiling 

Single Cell ATAC 

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression

Spatial Gene Expression

Spatial Proteomics

Targeted Gene Expression

Next GEM technológia

Princípom fungovania Next GEM technológie je označovanie jednotlivých buniek pomocou gélových guličiek a ich následné obaľovanie do kvapôčiek. Kľúčovým prvkom tejto technológie je gélová gulička, tzv. „Gel Bead“, ktorá je pokrytá miliónom oligonukleotidov nesúcich unikátny 10x barkód (~ 3,6 miliónov kombinácií). Okrem toho obsahujú tieto oligonukleotidy krátku konštantnú sekvenciu a sekvenciu určenú k naviazaniu cieľových molekúl mRNA. Súčasťou oligonukleotidov sú tiež UMI („Unique Molecular Identifier“), ktoré sú špecifické pre každý jeden oligonukleotid a slúžia na kvantifikáciu jednotlivých transkriptov. Prístroj Chromium X series  umožňujú zmiešanie gélových guličiek s bunkami, prípadne jadrami spolu s chemikáliami a ich následné rozdelenie do olejových kvapôčiek. Týmto procesom vzniká až 10 000 individuálnych emulzných kvapôčiek, tzv. GEMs („Gel Bead-in-emulsion“), obsahujúcich jednu bunku, prípadne jadro. V jednotlivých kvapôčkach dochádza k lýze buniek a k procesu reverznej transkripcie, čím vzniká cDNA, ktorá je značená 10x barkódom unikátnym pre každú jednu bunku. Po kroku amplifikácie, enzymatickej fragmentácie a ligácie potrebných adaptérov dostávame finálnu sekvenačnú knižnicu kompatibilnú s Illumina platformami. Analýzu získaných dát zabezpečujú voľne dostupné softvéry od 10x Genomics: Cell Ranger a Loupe Browser. Analytický softvér Cell Ranger  slúži na spracovanie raw sekvenačných dát, zatiaľ čo vizualizačný softvér Loupe Browser  poskytuje prostredie pre interpretáciu dát, určovanie bunkových typov na základe známych markerov, identifikáciu klastrov, či tvorbu komparačných analýz.

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu