Visium platforma - 10x GENOMICS

Vzťah medzi bunkami a ich polohou vo vzorke tkaniva môže byť rozhodujúci pre pochopenie istých biologických procesov a patológie chorôb. Priestorová transkriptomika je priekopnícka technológia, ktorá umožňuje merať génovú expresiu vo vzorke tkaniva a mapovať, kde sa táto expresia vyskytuje. Na takejto technológii je založená aj platforma Visium  od spoločnosti 10x Genomics.

Visium Spatial Gene Expression technológia

Kľúčovým prvkom technológie priestorového mapovania a merania génovej expresie je sklíčko so zachytávacími poliami posiatymi miliónmi značených oligonukleotidov, ktoré slúžia na naviazanie mRNA zo vzorky tkaniva (v súčasnosti sa využívajú čerstvo zmrazené rezy tkaniva). Po syntéze cDNA v procese reverznej transkripcie nasleduje príprava finálnej sekvenačnej knižnice. Takto pripravené knižnice sa sekvenujú na kompatibilnom sekvenátore. Pomocou voľne dostupných softvérov: Space Ranger a Loupe Browser  možno zhodnotiť vygenerované dáta, na základe snímku vyhotoveného pred samotnou prípravou knižnice pomocou fluorescenčého mikroskopu možno detegovať požadované gény v ich pôvodnom rozmiestnení v rámci tkaniva, ale tiež realizovať komparačné analýzy.

Ďalšie zaujímavé parametre k Visium platforme:

• Visium Spatial Gene Expression Slide and Reagent Kit obsahuje sklíčko so 4 zachytávacími poliami (pre 4 tkanivové rezy)
• Zachytávacie pole obsahuje vyše 5 000 spotov tvorených miliónmi značených prób. V rámci 1 spotu dokážeme analyzovať 1-10 buniek.
• Visium Spatial Tissue Optimization Slide and Reagent Kit – optimalizačné sklíčko s 8 poliami pre určenie optimálnej doby permeabilizácie tkaniva. Je potrebné pri práci s novým typom tkaniva. 
• Visium Gateway – pre nových užívateľov je za zvýhodnenú cenu dostupné sklíčko s 2 zachytávacími poliami
• Príprava finálnej sekvenačnej knižnice do 1 dňa.
• Visium Accessory Kit obsahuje špeciálne príslušenstvo nevyhnutné pre protokol: adaptér do termocykléru, testovacie sklíčko, magnetický separátor, držiak sklíčka

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu