Okrem tradičného manuálneho „single cell workflow“ poskytuje spoločnosť 10x Genomics aj automatizované riešenie Chromium Connect. Automatizovaný protokol zahŕňa kroky ako označovanie buniek pomocou gélových guličiek a ich zaobalenie do emulzných kvapôčiek, tzv. GEMs, prepis značenej mRNA do cDNA až po prípravu finálnej sekvenačnej knižnice. Pipetovacia robotická stanica umožňuje paralelné spracovanie 1-8 vzoriek počas jedného experimentu a konštrukciu konzistentných a reprodukovateľných sekvenačných knižníc z jednej bunky. Automatizovaný proces minimalizuje počet pipetovacích krokov, čím sa výrazne skráti doba prípravy na menej ako 1 hodinu. Umožňuje realizovať Single Cell Gene Expression a Single Cell Immune Profiling analýzy.
Pracovná plocha automatického robota zahŕňa samotný systém pre automatizáciu, Chromium Automated Controller, ale tiež termocyklér pre realizáciu všetkých inkubačných krokov v rámci protokolu, magnetický stojan pre zaistenie purifikácie a výber vhodných veľkostí fragmentov, špeciálne držiaky pre 10x reagencie, čítačku 2D kódov slúžiacu na skenovanie všetkých 10x reagencií a spotrebného materiálu a tiež dotykový počítač so softvérom pre jednoduché ovládanie systému.