NextSeq 1000/2000 - Illumina

Najnovším prírastkom v rodine sekvenačných systémov od spoločnosti Illumina je systém NextSeq 1000/2000. Tento najnovší systém ponúka inovatívne dizajnové prvky, pokrokovú chémiu, zjednodušenú bioinformatiku a intuitívny pracovný postup, vďaka čomu umožňuje širokú škálu aplikácií.

Využitie osvedčenej 2-kanálovej SBS („sequencing by synthesis“) technológie umožňuje generáciu vysoko kvalitných dát. Pomocou len 2 flurescenčných farbičiek, 2 snímkov a nového optického systému vieme s vysokou presnosťou identifikovať všetky 4 bázy. Sekvenačné systémy NextSeq 1000 a NextSeq 2000 využívajú výhody integrovanej cartridge, v ktorej sú obsiahnuté všetky činidlá, tým pádom ostáva samotný prístroj suchý a nie je potrebné ho premývať. Cartridge stačí rozmraziť, vložiť flow cell, napipetovať pripravenú sekvenačnú knižnicu a vložiť ju do samotného prístroja. Redukciou objemov reagencií sa znižujú aj náklady na prevádzku prístroja. NextSeq 1000/ 2000 využívajú paternovanú flow cell, vďaka čomu sa stávajú flexibilným a širokovo využitelným stolným sekvenačným systémom s vysokou hustotou klastrov a výrazne zníženou cenou za Gb. Pri týchto systémoch rozlišujeme 2 typy flow cell: P2 a P3. P2 flow cell je kompatibilná s oboma systémami a umožňuje získať až 120 Gb dát, zatiaľ čo P3 flow cell je dostupná len pre NextSeq 2000 a generuje až 300 Gb dát. Hoci NextSeq 1000 generuje menej dát, je možné tento systém upgradovať na NextSeq 2000 a využívať jeho vysoko kapacitné výstupy. Nastavenie a spustenie sekvenačného experimentu môže prebiehať priamo na prístroji alebo v cloude. Obrovskou výhodou týchto systémov je integrovaná platforma DRAGEN Bio-IT  („Dynamic Read Analysis for GENomics“), ktorá zabezpečí 6-krát rýchlejšiu sekundárnu analýzu dát. DRAGEN využíva optimalizované algoritmy pre širokú škálu genomických analytických riešení. Pre tých, ktorí uprednostňujú využitie cloudového analytického riešenia, je k dispozícii BaseSpace Sequence Hub, kde sú prístupné rôzne bioinformatické nástroje.

NextSeq 1000 a NextSeq 2000 ponúkajú široké možnoti aplikácií, ako napr.:

• Celogenómové sekvenovanie malých genómov
• Celoexómové sekvenovanie
• Single cell RNA sekvenovanie
• Sekvenovanie miRNA
• Targetované sekvenovanie
• Sekvenovanie transkriptómu
• Metagenomika

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu: NextSeq 1000/2000