https://www.genetica.cz
+420 272 701 055
Služeb 4
Praha
3.png)
.png)
1.png)
1.png){kind=logo}
Respiratory Virus Oligo Panel V2 - Illumina
Záujem o určenie subtypov SARS-CoV-2 neustále rastie, a preto i spoločnosť Illumina ponúka rôzne druhy riešení. Jedným z nich je využitie Respiratory Virus Oligo panelu v kombinácii s enrichmentovým prístupom založeným na Illumina RNA Library Prep with Enrichment, čo umožňuje výskumníkom získať sekvenačné dáta a tým zistiť subtypy nielen SARS-CoV-2 ale i potenciálnych pridružených koinfekcií zo skupiny respiračných vírusov. Na základe týchto dát je možné určiť zdroj infekcie či cesty prenosu.
Na základe cielenej „enrichment“ technológie umožňuje vysoko senzitívnu detekciu vírusov, ktorá nevyžaduje vysokú hĺbku čítania a slúži na rôzne analýzy evolúcie a prežívania vírusu. Kľúčovým prvkom protokolu sú panely s próbami, ktoré komplexne profilujú cieľové oblasti nevynímajúc vysoko mutagénne oblasti.
Vstupným materiálom protokolu je izolát RNA, ktorý je v prvom kroku prípravy knižnice prepisovaný do cDNA, následne prebiehajú kroky tagmentácie a „enrichmentu“. Samotné sekvenovanie je možné na všetkých dostupných platformách Illumina. Súčasťou riešenia je i analýza dát. Na prípravu knižnice z extrahovanej RNA sa využíva Illumina RNA Prep kit with Enrichment, ktorý funguje na pricípe „Bead-linked“ tagmentácie. To znamená, že magnetické guličky nesúce na svojom povrchu enzýmy štiepia fragmenty a zároveň k nim napájajú potrebné adaptéry. Pre zacielenie na požadované oblasti nasleduje „enrichment“ krok využitím Illumina Respiratory Virus Oligo panelu V2. Po osekvenovaní knižnice využitím kompatibilného Illumina sekvenačného systému nasleduje spracovanie dát využitím aplikácie DRAGEN na detekciu patogénov a platformy IDbyDNA Explify.
Library preparation Enrichment
Základné špeficikácie k Illumina Respiratory Virus Oligo panelu:
- obsahuje až 7 800 prób pre najčastejšie respiračné vírusy
- obsahuje próby pre ľudskú mRNA – pozitívna kontrola
- umožňuje charakterizovať až 40 respiračných vírusov, vrátane SARS-CoV-2
- možnosť kombinovať až 384 vzoriek v rámci 1 experimentu
- flexibilné množstvo vtupného materiálu: 10 - 100 ng
Prehľad vírusov analyzovaných pomocou Illumina Respiratory Virus Oligo panelu:
| Human coronavirus 229E | Human metapneumovirus (CAN97-83) |
| Human coronavirus NL63 | Human bocavirus 4 NI strain HBoV4-NI-385 |
| Human coronavirus OC43 | KI polyomavirus Stockholm 60 |
| Human coronavirus HKU1 | WU Polyomavirus |
| SARS-CoV-2 | Human parechovirus type 1 PicoBank/HPeV1/a |
| Human adenovirus B1 | Human parechovirus 6 |
| Human adenovirus C2 | Human rhinovirus A89 |
| Human adenovirus E4 | Human rhinovirus C (strain 024) |
| Human bocavirus 1 (Primate bocaparvovirus 1 isolate st2) | Human rhinovirus B14 |
| Human bocavirus 2c PK isolate PK-5510 | Human enterovirus C104 strain: AK11 |
| Human bocavirus 3 | Human enterovirus C109 isolate NICA08-4327 |
| Human parainfluenza virus 1 | Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) |
| Human parainfluenza virus 2 | Influenza A virus (A/Hong Kong/1073/99(H9N2)) |
| Human parainfluenza virus 3 | Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2)) |
| Human parainfluenza virus 4a | Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) |
| Respiratory syncytial virus (type A) | Influenza B virus (B/Lee/1940) |
| Human Respiratory syncytial virus 9320 (type B) | Influenza B virus (B/Wisconsin/01/2010) |
| Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) | Influenza B virus (B/Brisbane/60/2008) |
| Influenza A virus (A/Korea/426/1968(H2N2)) | Influenza B virus (B/Colorado/06/2017) |
| Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) | Influenza B virus (B/Washington/02/2019) |
| Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1)) | Human control genes |
