NextSeq 550 Dx - Illumina

Vysokokapacitný sekvenátor NextSeq 550 Dx je CE-IVD platformou umožňujúcou  využitie NGS v klinických laboratóriach. Jednoduché prepínanie medzi 2 módmi umožňuje využitie systému pre vedecké učely alebo v diagnostike, kde dokáže produkovať viac ako 90 Gb dát a maximálnou dĺžkou čítaní 2x150 bp. Podporuje aplikácie na báze TruSeq Custom Amplicon Dx eseje – somatický variant calling pre 4 až 48 multiplexovaných vzoriek alebo zárodočný variant calling pre 8 až 96 vzoriek.

Sekvenačný systém NextSeq 550 Dx kombinuje spoľahlivosť NGS („next generation sequencing“) s možnosťou prispôsobenia veľkosti výstupov v závislosti od nárokov laboratória. Okrem samotného sekvenovania ponúka NextSeq 550 Dx (v RUO móde) i možnosť skenovať čipy. Je preto ideálnym riešením pre laboratóriá, ktoré chcú rozšíriť svoje kapacity využitím jediného prístroja.

Kľúčovou technológiou, na základe ktorej fungujú všetky Illumina sekvenačné platformy, je SBS („sequencing by synthesis“) technológia . Táto metóda umožňuje paralelné radenie miliónov fragmentov DNA a detekciu jednotlivých báz začlenených do rastúcich vlákien DNA, prostredníctvom detekcie fluorescencie odštepenej značky reverzibilného terminátoru. V systéme prebieha tvorba sekvenačných klastrov v procese klonálnej amplifikácie spolu so samotným sekvenovaním takto vzniknutých vlákien. Osvedčená SBS metóda elimunuje chybovosť (a to aj v úsekoch reťazca s opakujúcimi sa nukleotidmi) a zaručuje skóre kvality 30 %, čo znamená, že len 1 z 1 000 báz môže byť priradená nesprávne. Pri sekvenovaní možno postupovať dvoma spôsobmi, buď sa sekvencia prečíta v jednom smere (single-read) alebo sa postupuje proti sebe z oboch koncov (pair-end read). Dva typy sekvenačnej chémie, high-output a mid-output, umožňujú jednoduchý prechod medzi vysokokapacitným sekvenovaním s maximálnym výstupom až 120 Gb (v RUO-móde) a 400 miliónov čítaní (v RUO-móde). Systém má integrovaný vlastný PC s Windows 10 pre riadenie jednotlivých krokov.

Pre analýzu dát je prístupných viacero možností. Jednou z nich je platforma DRAGEN Bio-IT  na cloudovom softvéri BaseSpace Sequence Hub. Inou možnosťou je využitie softvéru Local Run Manager, kde môže prebiehať sekundárna analýza dát „on-instrument“ alebo „off-instrument“.

Široké využitie sekvenačnej kapacity systému NextSeq 550 Dx (v RUO móde) zahŕňa aplikácie:

• Cielené resekvenovanie (6 – 96 vzoriek)
• Exómové sekvenovanie (1-12 vzoriek)
• Transkriptómy (1 – 16 vzoriek)
• Génovú expresiu (12 - 40 vzoriek)
• TruSight Oncology 500 (1 – 8 vzoriek)
• A ďalšie: celogenómové sekvenovanie, metagenomika, a pod.

NextSeq 550 Dx integruje sekvenovanie a skenovanie čipov do jednej platformy, čoho výhodou je nižšia cena riešenia a ušetrenie priestorových kapacít laboratória. Skenovanie čipov je založené na BeadArray technológii a osvedčenej Infinium chémii, vďaka ktorej generuje vysokokvalitné dáta a reprodukovateľné výsledky.

Systémom NextSeq 550 Dx je možné skenovať nasledujúce čipy:

• Infinium MethylationEPIC BeadChip - umožňuje kvantitatívnu analýzu viac ako 850 000 metylačných miest v genóme. Pre analýzu dát je dostupný softvér GenomeStudio, ktorý umožňuje diferenciálne metylačné analýzy.
• Infinium CytoSNP-850K BeadChip - prvý ľudský mikročip na báze SNP, ktorý poskytuje komplexné pokrytie cytogeneticky relevantných génov.
• Infinium HumanCytoSNP-12 v2.1 BeadChip - 12-vzorkový výkonný panel na skenovanie celého genómu navrhnutý pre efektívnu a vysokovýkonnú analýzu genetických a štrukturálnych variácií, ktoré sú relevantné pre ľudské choroby.
• Infinium HumanKaryomap-12 BeadChip – je komplexný test od spoločnosti Vitrolife pokrývajúci celý genóm na úrovni jednej bunky („karyomapping“), čím poskytuje prehľad o dedičných defektoch embrya.

Viac informácií nájdete na stránkach výrobcu: NextSeq 550 Dx