•  
  • Technológie
    NGS NGS
    Microarrays Microarrays
  • Produkty
    Prístroje
    • Sekvenátory NGS
    • Skenery čipov
    • Sonikátory
    • Chromium X séria
    • Chromium Connect
    • Sonikátor M220
    • Sonikátor ML230
    • RT-PCR systém
    • Xenium Analyzer
    • Chromium platforma
    • Visium platforma
    Reagencie
    • Sekvenačné kity
    • Kity pre prípravu NGS knižníc
    • Chromium
    Nástroje pre analýzu dát
    • Profesionálna sekundárna analýza dát
    • Správa a analýza dát v cloude
    • Interpretácia variant v dedičných ochoreniach
    • Interpretácia variant v onkológii
    • Laboratórny informačný a manažérsky systém pre správu NGS aplikácií
    Ostatné produkty
  • Diagnostika
    Real-Time PCR
    • RealStar panel pre enterické ochorenia
    • RealStar panel pre respiračné ochorenia
    • RealStar panel pre imunodeficientných pacientov
    • RealStar panel pre tropické ochorenia
    • RealStar panel pre vírusy prenášané krvou
    NGS
    • TruSight Family
    • AmpliSeq for Illumina Focus Panel
    • Respiratory Pathogen Panel
    • LymphoTrack
    • Custom panely DNA/ RNA
    • VeriSeq NIPT Solution v2
    • Celogenómové sekvenovanie
    • Rýchle sekvenovanie kompletného genómu (rWGS)
    • Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment
    Microarrays
    • Kity pre čipové analýzy
    • Global Diversity Array (GDA Cyto) a Global Screening Array (GSA Cyto)
  • Firmy
    10x GENOMICS
    Arrow Diagnostics
    Covaris
    DNA Diagnostic A/S
    IAB
    Illumina
    Invivoscribe technologies
    LGC Biosearch Technologies
    Pillar Bioscience
    Quantum-Si
    Seer
    SeqOne Genomics
    Yourgene Health
  • Kontakty
    Obecný kontakt GeneTiCA GeneTiCA
    Obchodné oddelenie Obchodné oddelenie
    Aplikačná podpora Aplikačná podpora
    Servisné oddelenie Servisné oddelenie
    GeneTiCA Experience Centre GeneTiCA Experience Centre
  •  
    Genetica.CZGenetica.SKGenetica.HU
  •  
  •  
https://www.genetica.cz +420 272 701 055 Služeb 4 Praha
Úvod > Aplikace > Illumina > Bioinformatika > CASAVA

CASAVA

CASAVA je robustní bioinformatický software vytvořený Illuminou, který funguje na operačním sysému Linux a je používán pouze u platformy HiSeq. Po sekvenačním běhu HiSeq generuje obrazová data, která jsou analyzována v nálsedujících pěti krocích:

  • Image Analysis
  • Base Calling
  • Bcl Conversion
  • Sequence Alignment
  • Variant Analysis and Counting

kde CASAVA provádí algoritmicky kroky 3 – 5. Bcl conversion je konverze *.bcl souboru do surového formátu FASTQ. Zároveň při tomto kroku dochází k roztřídění jednotlivých vzorků dle daného indexu (barcode), které byly smíchány před zahajením samotného sekvenování. Squence alignment je proces zarovnání FASTQ souborů k referenčnímu genomu (je-li k dispozici) a v posledním kroku analýzy se vyhledávají Single Nucleotide Polymorfismus (SNPs) a indely.

 

Minimální systémové požadavky jsou:

  • Linux 64-bitový nebo jiná 64-bitová Unixová varianta
  • 8 CPU jader, 48 GB RAM

 

Uživatelskou příručku si můžete stáhnout zde.

Súvisiace odkazy

Illumina Experiment Manager - Illumina

Variant Studio - Illumina

BaseSpace - Illumina

Vyžiadať informácie o:

CASAVA

Údaje s hviezdičkou
sú povinné
Copyright © 2025 GeneTiCA s.r.o. +421 907 373 757 | genetica@genetica.sk