Dostaňte sa od klinických vzoriek priamo ku profilu liekovej rezistencie!
Icidencia tuberkulózy za posledné roky rapídne narástla až natoľko, že spomedzi infekčních ochorení obsadila druhé miesto v úmrtnosti. Tuberkulóza je vyvolaná skupinou baktérií, ktoré nesú spolu pomenovanie Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), pričom tento komplex si veľmi efektívne vytvára to, čomu sa hovorí mnohopočetná lieková rezistencia (MDR), ktorá predstavuje veľkú hrozbou pre našu spoločnosť. Práve preto je úspěšná detekcia a popísanie kmeňov MTBC tak kritickou súčasťou dohľadu nad tuberkulózou.
Na tieto skutočnosti nadviazala aj spoločnosť Illumina, ktorá v spolupráci s partnerom GenoScreen uvádza na trh nový Myc-TB Combo Kit slúžiaci ako spoľahlivý nástroj na identifikáciu, genotypizáciu a stanovenie profilu liekovej rezistencie mykobakteriálnych druhov skupiny MTBC. Súčasťou riešenia je aj prístup do vizualizačného softvéru Deeplex®, vďaka ktorému je spracovanie získaných dát oveľa jednoduchšie a rýchlejšie (report možný k nahliadnutiu).
Kľúčové vlastnosti riešenia:
Myc-TB Combo Kit teda pokrýva celý proces od prípravy knižnice až po samotnú analýzu Vašich vzoriek. V súčasnosti sú k dispozícii dva druhy kitov, ktoré sa líšia v spôsobe prípravy knižnice a je len na Vás, ktorý prístup si zvolíte. Riešenie je kompatibilné so systémami iSeq 100, MiniSeq, MiSeq a NextSeq 550 (počet vzoriek vzhľadom k použitému prístroju viď. tabuľka nižšie).
Platforms (2x150bp) | Specifications | Run time | Number of samples (including controls) | Number of tests |
---|---|---|---|---|
iSeq 100 | 1.2Gb | ~ 19h | 13 | 16 |
Mid Output (2.1Gb) | ~ 17h | 21 | 24 | |
MiniSeq | High Output (6.6Gb) | ~ 24h | 66/69 | 72 |
Nano kit (300Mb) | ~ 17h | 1 | 4 | |
MiSeq v2 | Micro kit (1.2Gb | ~ 19h | 13 | 16 |
Standard kit (4.5Gb) | ~ 24h | 45 | 48 | |
NextSeq 500/550 | Mid Output (32.5Gb) | ~ 26h | 372 | 384 |
Genomic target | Drug |
---|---|
rpoB | rifampicin |
inhA | isoniazid, ethionamide |
fabG1 | isoniazid, ethionamide |
katG | isoniazid |
ahpC | isoniazid |
pncA* | pyrazinamide |
embB | ethambutol |
gidB* | streptomycin |
rpsL* | streptomycin |
rrs* | streptomycin, amikacin, kanamycin, capreomycin |
eis | kanamycin |
tlyA* | capreomycin |
gyrA | fluoroquinolones |
gyrB | fluoroquinolones |
ethA* | ethionamide |
rrl | linezolid |
rplC | linezolid |
rv0678* | bedaquiline, clofazimine |
M. abscessus (subsp abscessus, bolletii) | M. fortuitum (subsp acetamidolyticum, fortuitum) | M. parascrofulaceum |
M. africanum | M. fragae | M. paraseoulense |
M. agri | M. frederiksbergense | M. parmense |
M. aichiense | M. gadium | M. peregrinum |
M. algericum | M. gastri | M. phlei |
M. alvei | M. genavense | M. phocaicum |
M. aromaticivorans | M. gilvum | M. porcinum |
M. arosiense | M. goodii | M. poriferae |
M. arupense | M. gordonae | M. pseudoshottsii |
M. asiaticum | M. houstonense | M. psychrotolerans |
M. aubagnense | M. immunogenum | M. pulveris |
M. aurum | M. insubricum | M. pyrenivorans |
M. austroafricanum | M. interjectum | M. rhodesiae |
M. avium (subsp avium, paratuberculosis, silvaticum) | M. intermedium | M. riyadhense |
M. boenickei | M. intracellulare | M. rufum |
M. bohemicum | M. kansasii | M. rutilum |
M. botniense | M. komossense | M. salmoniphilum |
M. bouchedurhonense | M. kubicae | M. saskatchewanense |
M. bourgelatii | M. kumamotonense | M. sherrisii |
M. bovis | M. kyorinense | M. shimoidei |
M. bovis BCG | M. lacus | M. shinjukuense |
M. branderi | M. lentiflavum | M. shottsii |
M. brisbanense | M. lepraemurium | M. simiae |
M. brumae | M. leprae | M. smegmatis |
M. canariasense | M. llatzerense | M. sphagni |
M. canettii (CIPT 140010059, STB-D, E, G, H, I, J, K, L) | M. madagascariense | M. stomatepiae |
M. caprae | M. mageritense | M. szulgai |
M. celatum | M. malmoense | M. terrae |
M. confluentis | M. mantenii | M. thermoresistibile |
M. conspicuum | M. marinum | M. timonense |
M. cookii | M. marinum M | M. tokaiense |
M. cosmeticum | M. marseillense | M. triplex |
M. crocinum | M. massiliense | M. triviale |
M. diernhoferi | M. microti | M. tuberculosis complex |
M. doricum | M. monacense | M. tusciae |
M. duvalii | M. noviomagense | M. ulcerans |
M. elephantis | M. novocastrense | M. vaccae |
M. europaeum | M. obuense | M. vanbaalenii |
M. fallax | M. onchromogenicum | M. vulneris |
M. farcinogenes | M. pallens | M. wolinskyi |
M. flavescens | M. palustre | M. xenopi |
M. florentinum | M. paraffinicum | M. yongonense |
M. fluoranthenivorans | M. parafortuitum |