Long-Read Technologie - Illumina

Illumina Complete Long Read Prep Human

Spoločnosť Illumina nedávno predstavila novú technológiu s názvom Illumina Complete Long Read Prep Human, ktorá umožňuje sekvenovanie dlhých fragmentov DNA s dĺžkou až 12 kb s vysokou presnosťou a kvalitou. To umožňuje detailnejší pohľad na štruktúru genómu, identifikáciu genetických mutácií a variantov v ťažko čitateľných oblastiach genómu. Sada využíva osvedčenú technológiu spoločnosti Illumina, je časovo nenáročný a na prípravu vysokokvalitných knižníc vyžaduje len malé množstvo vstupného materiálu.

Systémy NovaSeq 6000 a NovaSeq X sa teraz stávajú prístrojmi pre krátke aj dlhé čítania, čím sa zvyšuje ich flexibilita a použiteľnosť. Na prípravu knižníc nie sú kladené žiadne špecifické požiadavky na izoláciu a extrakciu vzoriek. Požadované vstupné množstvo DNA je len 50 ng. Celý proces sekvenovania sa zjednodušuje a zrýchľuje aj tým, že samotná príprava knižnice sa dá dokončiť za jeden pracovný deň.

Výhody:

NovaSeq 6000 a NovaSeq X sú odteraz prístroje pre krátke aj dlhé čítania.

Sada na prípravu knižníc bez špecifických požiadaviek na izoláciu a extrakciu vzoriek

Vstupné množstvo DNA je len 50 ng

Príprava knižnice za 1 deň

Dĺžky fragmentov do 12 kb

Technológia:

Illumina Complete Long Read Prep Human sa od bežných postupov sekvenovania líši tým, že sa vyhýba mechanickej fragmentácii DNA a nahrádza tento krok tagmentáciou dlhých vlákien. To umožňuje neprerušené dlhé čítanie vysokej kvality, ktoré je dôležité na získanie komplexných údajov o genóme. Kombinovaná analýza spolu s dátami z krátkych čítaní ďalej zvyšuje výslednú kvalitu sekvenovania.

Spoločnosť Illumina využíva technológiu dlhých čítaní na analýzu problematických oblastí ľudského genómu, kde krátke čítania môžu byť nepresné. Presnosť genotypizácie pre SNV (Single Nucleotide Variant) a Indel (Insertion-Deletion) je pri oboch technológiách veľmi vysoká. V prípade SV (štrukturálnych variantov) je však presnosť analýzy oveľa vyššia pri technológii dlhých čítaní. Použitie dlhých čítaní je preto vhodné na získanie väčšej presnosti a dôveryhodnosti výsledkov v oblastiach s vysokou genomickou variabilitou a komplexitou.