Softvér Local Run Manager (LRM) je integrované riešenie určené na vytváranie sekvenačných experimentov, sledovanie stavu experimentu, analýzu údajov o sekvenovaní a prezeranie výsledných dát. Softvér LRM je integrovaný s kontrolným softvérom samotného prístroja pri platformách MiniSeq a iSeq 100 prostredníctvom webového prehliadača. K dispozícii je aj off-instrument verzia rovnakého softvéru LRM, ktorá je kompatibilná so systémami iSeq 100, MiniSeq, MiSeq séria a NextSeq séria.
Na vykonávanie analytických postupov určených pre rôzne typy knižníc sú k dispozícii voliteľné softvérové moduly. Softvér LRM v súčasnosti pracuje s analytickými softvérovými modulmi: