Chromium Controller - 10x GENOMICS

10x Genomics technológia

Spoločnosť 10x Genomics disponuje 2 platformami – Chromium a Visium. Platforma Chromium, fungujúca na princípe Next GEM technológie umožňuje komplexnú analýzu jednotlivých buniek vo vzorke od ich génovej expresie, prítomnosti chromatínu, bunkových proteínov, imunitných klonotypov, až po antigénovú špecificitu a CRISPR úpravy. Dané riešenie zahŕňa okrem spotrebného materiálu a voľne dostupných softvérov na analýzu dát aj prístrojové vybavenie Chromium Controller.

Chromium Controller

Chromium Controller je pokročilá mikrofluidná platforma umožňujúca masívne paralelné analýzy na úrovni jednotlivých buniek, tzv. „single cell“. Prístroj využíva Next GEM (odkaz na článok - Chromium platforma) mikrofluidnú čipovú technológiu, vďaka ktorej zabezpečí spustenie individuálnych mikroreakcií v nanolitrových kvapôčkach, čoho výsledkom sú jednotlivé bunky/ jadrá označené unikátnym barkódom a zabalené do emulzných kvapôčiek, tzv. GEMs („Gel Bead-in-emulsion“).

10x Genomics technológia

Spoločnosť 10x Genomics disponuje 2 platformami – Chromium a Visium. Platforma Chromium, fungujúca na princípe Next GEM technológie umožňuje komplexnú analýzu jednotlivých buniek vo vzorke od ich génovej expresie, prítomnosti chromatínu, bunkových proteínov, imunitných klonotypov, až po antigénovú špecificitu a CRISPR úpravy. Dané riešenie zahŕňa okrem spotrebného materiálu a voľne dostupných softvérov na analýzu dát aj prístrojové vybavenie Chromium Controller.

Chromium Controller

Chromium Controller je pokročilá mikrofluidná platforma umožňujúca masívne paralelné analýzy na úrovni jednotlivých buniek, tzv. „single cell“. Prístroj využíva Next GEM (odkaz na článok - Chromium platforma) mikrofluidnú čipovú technológiu, vďaka ktorej zabezpečí spustenie individuálnych mikroreakcií v nanolitrových kvapôčkach, čoho výsledkom sú jednotlivé bunky/ jadrá označené unikátnym barkódom a zabalené do emulzných kvapôčiek, tzv. GEMs („Gel Bead-in-emulsion“).

Technické špecifikácie systému Chromium Controller:

• každý čip dokáže spracovať až 8 vzoriek súčasne
• flexibilné rozhranie počtu analyzovaných buniek/ jadier v kanáli: 500 - 80 000
• doba spracovania buniek v prístroji je len 18 minút
• vysoká efektivita zachytenia buniek zo vstupného materiálu až 65% - tzv. „Cell Recovery Rate“
• nízka pravdepodobnosť výskytu viacerých buniek v jednej kvapôčke, tzv. „Doublet Rate“: < 1 % pri analýze 1 600 buniek
• validovaná veľkosť buniek: < 30 µm
• kompaktná veľkosť prístroja: 20 x 26,3 x 16,4 cm
• hmotnosť prístroja: 5,6 kg
• protokol od získania bunkovej suspenzie až po prípravu finálnych sekvenačných  knihovní zaberie 1-2 dni
• odporúčaná hĺbka čítaní , tzv. „Read Depth“, pre sekvenáciu je min. 20 000 čítaní na bunku

Viac informácií sa dozviete na stránkach výrobcu